Die Counter Terrorist Unit (auch Counter Terrorism Unit oder CTU genannt) war eine Geheimdienst- und Strafverfolgungsbehörde in den Vereinigten Staaten Amerikas, welche arbeitete um Terrorakte innerhalb der Grenzen der USA zu ermitteln und zu verhindern. CTU hatte Abteilungen im ganzen Land und verhinderte mehrere, unmittelbar bevorstehende Terrorakte innerhalb des Landes.
Nach Tag 6 wurde das CTU aufgelöst, aufgrund der vermutlichen rechtsfreien Aktivitäten mehrerer Agenten, und war unter Ermittlung für Menschenrechtsverletzung. Die Funktionen des CTUs wurden daraufhin anderen Behörden zugeordnet. Jedoch wurde, nach Tag 7, das CTU wiederbelebt, dank der Hilfe von Rob Weiss, der President Taylor davon überzeugte, die Behörde in voller Kapazität wiederherzustellen.